Guna merespon kebijakan kampus merdeka yang dicanangkan oleh pemerintah, Prodi Ekonomi Syariah sudah menyusun kurikulum yang lebih fleksibel. Kurikulum yang memungkinkan mahasiswa untuk mendapatkan hak belajar secara sukarela 1 semester lintas prodi di UIN Sunan Kalijaga dan hak belajar di luar UIN Sunan Kalijaga selama 2 semester. Hal ini dimaksudkan untuk menciptakan kultur belajar yang inovatif, tidak mengekang, dan sesuai dengan kebutuhan masing-masing mahasiswa. Berdasarkan Permenristekdikti no. 44/2015, sks merupakan takaran waktu kegiatan belajar berdasarkan proses pembelajaran maupun pengakuan atas keberhasilan usaha mahasiswa dalam mengikuti kegiatan kurikuler. Selama ini, sks terbatas pada definisi pembelajaran tatap muka di dalam kelas. Padahal, proses pembelajaran mahasiswa tidak terbatas pada kegiatan di dalam kelas saja. Dalam skema yang baru, mahasiswa diberikan hak untuk secara sukarela (bisa diambil ataupun tidak) melakukan kegiatan di luar program studi, bahkan di luar perguruan tinggi yang dapat diperhitungkan dalam sks. Dengan kebijakan ini mahasiswa dapat memiliki kebebasan menentukan rangkaian pembelajaran mereka, sehingga tercipta budaya belajar yang mandiri, lintas disiplin, dan mendapatkan pengetahuan serta pengalaman yang berharga untuk diterapkan.  

Merdeka merupakan hak bagi mahasiswa untuk mengambil kelas di luar prodi Ekonomi Syariah, maksimal 3 semester. Dalam merespon hal tersebut, Prodi Ekonomi Syariah membuat beberapa kebijakan dasar terkait merdeka belajar seperti gambar di bawah ini: